Diferença entre Blast e Fasta

Blast vs Fasta

Blast e Fasta são dois softwares que são usados ​​para comparar sequências biológicas de DNA, amino ácidos, proteínas e nucleotídeos de diferentes espécies e procure as semelhanças. Esses algoritmos foram escritos, mantendo a velocidade em mente porque, à medida que o banco de dados das sequências inchavam, uma vez que o DNA foi isolado no laboratório pelos cientistas em meados da década de 1980, aumentou a necessidade de comparar e encontrar genes idênticos para novas pesquisas em alta velocidade. Blast é um acrônimo para Basic Local Alignment Search Tool e usa abordagem localizada na comparação das duas seqüências. Fasta é um software conhecido como Fast A onde A significa All porque funciona com o alfabeto como Fast A para seqüenciamento de DNA e Fast P para proteína. Ambos, Blast e Fasta são muito rápidos em comparar qualquer banco de dados do genoma e, portanto, são muito viáveis ​​monetariamente, bem como em economizar tempo.

Blast

Um dos programas de bioinformática mais utilizados o Blast foi desenvolvido em 1990 e, desde então, está disponível para todos no site da NCBI. Este software pode ser acessado por qualquer um e pode ser modificado de acordo com as necessidades. Blast é o software no qual os dados de entrada de uma seqüência a ser comparada estão no formato Fasta e os dados de saída podem ser obtidos em texto simples, HTML ou XML. O Blast trabalha com o princípio da busca de semelhanças localizadas entre as duas sequências e depois da listagem curta das seqüências semelhantes, ela busca semelhanças de vizinhança. O software busca um número elevado de regiões locais similares e dá o resultado após atingir um valor limiar. Este processo difere do software anterior no qual toda a sequência foi pesquisada e comparada, o que levou muito tempo. Blast é usado para vários fins, como o mapeamento de DNA, comparando dois genes idênticos em diferentes espécies, criando árvores filogenéticas.

Fasta

O programa Fasta foi escrito em 1985 para comparar apenas as seqüências de proteínas, mas posteriormente foi modificado para realizar buscas no DNA também. O software Fasta usa o princípio de encontrar a semelhança entre as duas sequências estatisticamente. Este software corresponde a uma seqüência de DNA ou proteína com o outro pelo método de alinhamento de seqüência local. Ele busca a região local para similaridade e não a melhor combinação entre duas seqüências. Uma vez que este software compara semelhanças localizadas às vezes, pode surgir uma falta de correspondência. Em uma seqüência, Fasta toma uma pequena parte conhecida como k-tuplas onde a tupla pode ser de 1 a 6 e combina com k-tuplas de outra seqüência e, quando um valor limiar de correspondência é alcançado, ele vem com o resultado. É um programa que é usado para exibir as perspectivas de seqüência de correspondência de um grande número para uma comparação completa, pois é muito rápido.

Em resumo: Blast vs Fasta • A explosão é muito mais rápida que a Fasta. • A explosão é muito mais precisa do que a Fasta. • Para seqüências bem parecidas, Blast é muito preciso e para uma sequência diferente. Fasta é um software melhor. • O Blast pode ser modificado de acordo com a necessidade, mas Fasta não pode ser modificado. • A explosão deve usar o formato de entrada Fasta para obter os dados de saída. • A explosão é muito mais versátil e amplamente utilizada do que a Fasta.