Diferença entre NGS e Sanger Sequencing | NGS vs Sanger Sequencing
Diferença-chave - NGS vs Sanger Seqüenciamento
Seqüenciamento de Próxima Geração (NGS) e Seqüenciamento Sanger são dois tipos de técnicas de sequenciação de nucleotídeos desenvolvidas ao longo do tempo. O método Sanger Sequencing foi amplamente utilizado por muitos anos e a NGS o substituiu recentemente por suas vantagens. A principal diferença entre NGS e Sanger Sequencing é que NGS funciona no princípio de seqüenciar milhões de seqüências simultaneamente de forma rápida através de um sistema de seqüenciamento, enquanto a Sanger Sequencing funciona no princípio do término da cadeia devido à incorporação seletiva de didesoxinucleótidos por Enzima DNA polymerase durante a replicação do DNA e separação resultante do fragmento por eletroforese capilar.
ÍNDICE
1. Visão geral e diferença de chave
2. O que é Sequenciamento de Nucleótidos
3. O que é NGS
4. O que é Sanger Sequencing
5. Comparação lado a lado - NGS vs Sanger Seqüenciamento
6. Resumo
O que é Sequenciamento de Nucleótidos?
A informação genética é armazenada nas sequências nucleotídicas do DNA ou ARN de um organismo. O processo de determinação da ordem correta de nucleotídeos (usando quatro bases) em um determinado fragmento (em um gene, grupo de genes, cromossomo e genoma completo) é conhecido como seqüenciamento de nucleotídeos . É muito importante em estudos genômicos, estudos forenses, virologia, sistemática biológica, diagnóstico médico, biotecnologia e em muitos outros campos para analisar a estrutura e função dos genes. Existem diferentes tipos de métodos de seqüência desenvolvidos pelos cientistas. Entre eles, Sanger sequencing desenvolvido por Frederick Sanger em 1977 foi amplamente utilizado e popularizado por um longo período de tempo até Next Generation Sequencing substituí-lo.
O que é NGS?
Next Generation Sequencing (NGS) é um termo usado para se referir aos processos modernos de sequenciação de alto débito. Ele descreve uma série de diferentes tecnologias de seqüenciamento modernas que revolucionaram estudos genômicos e Biologia Molecular. Essas técnicas são o seqüenciamento de Illumina, o seqüenciamento Roche 454, o seqüenciamento de Ion Proton e a seqüência de SOLiD (Sequencing by Oligo Ligation Detection). Os sistemas NGS são mais rápidos e mais baratos. Quatro métodos principais de seqüenciamento de DNA são usados em sistemas NGS, nomeadamente; pirosequenciamento, sequenciação por síntese, sequenciação por ligação e seqüência de semicondutores de iões. Um grande número de fios de DNA ou RNA (milhões de) pode ser sequenciado paralelamente. Permite a seqüenciamento de todo o genoma de organismos dentro de um curto período de tempo, ao contrário do seqüenciamento de Sanger, que leva mais tempo.
NGS tem muitas vantagens em relação ao método de seqüência convencional Sanger. É um processo de alta velocidade, mais preciso e econômico que pode ser realizado com um pequeno tamanho de amostra. NGS pode ser usado em estudos metagenômicos, na detecção de variações dentro de um genoma individual devido a inserções e deleções, etc. e na análise de expressões de genes.
Figura_1: Desenvolvimentos na sequenciação de NGS
O que é Seqüenciamento de Sanger?
Sanger Sequencing é um método de seqüenciamento desenvolvido por Frederick Sanger e seus colegas em 1977 para determinar a ordem de nucleotídeo precisa de um determinado fragmento de DNA. Também é conhecido como seqüenciamento de terminação de cadeia ou sequenciação de didesoxi . O princípio de funcionamento deste método é a terminação da síntese da cadeia por incorporação selectiva de didesoxinucleótidos de terminação de cadeia (ddNTPs) tais como ddGTP, ddCTP, ddATP e ddTTP por DNA polimerase durante a replicação do DNA. Os nucleótidos normais têm grupos 3 'OH para a formação de uma ligação fosfodiéster entre nucleótidos adjacentes para continuar a formação da cadeia. No entanto, os ddNTPs faltam este grupo 3 'OH e são incapazes de formar ligações fosfodiéster entre nucleotídeos. Assim, o alongamento da corrente é interrompido.
Neste método, o DNA de cadeia simples a ser sequenciado serve como a cadeia de modelo para a síntese de DNA in vitro. Outros requisitos são iniciador oligonucleotídico, precursores desoxinucleotídicos e enzima ADN polimerase. Quando as extremidades flanqueadoras do fragmento alvo são conhecidas, os iniciadores podem ser facilmente projetados para a replicação do DNA. Quatro reações separadas de síntese de DNA são realizadas em quatro tubos separados. Cada tubo possui ddNTPs separados, juntamente com outros requisitos. A partir do nucleótido particular, são adicionadas uma mistura de dNTPs e ddNTPs. Do mesmo modo, quatro reações separadas são realizadas em quatro tubos com quatro misturas. Após as reações, são realizadas a detecção de fragmentos de DNA e a conversão do padrão de fragmento em informações de seqüência. Os fragmentos de DNA resultantes são desnaturados por calor e separados por eletroforese em gel. Se forem usados nucleótidos radioativos, o padrão de bandas no gel de poliacrilamida pode ser visualizado por autorradiografia. Quando este método usa os didesoxinucleótidos com marcação fluorescente, pode ser mitigado pelo leito de gel e passar por um feixe de laser para ser detectado pelo detector fluorescente. Para evitar erros que possam surgir quando uma seqüência é lida pelo olho e entrar manualmente em um computador, este método foi desenvolvido para o uso de sequenciadores automatizados, juntamente com o computador.
Este é o método usado para seqüenciar o DNA do projeto Genoma Humano. Este método ainda está em uso com modificações avançadas porque fornece informações de seqüências precisas, apesar de ser um processo caro e lento.
Figura_2: Secagem de Sanger
Qual a diferença entre NGS e Sanger Sequencing?
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NGS vs Sanger Seqüenciamento |
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| Seqüenciamento de Próxima Geração (NGS) refere-se a processos modernos de sequenciação de alto débito.Ele descreve uma série de diferentes tecnologias de sequenciação modernas | Sanger Sequencing é um método de seqüência desenvolvido por Frederick Sanger para determinar a ordem de nucleotídeo precisa de um determinado fragmento de DNA. |
| Eficácia de custos | |
| NGS é um processo mais barato porque reduz tempo, energia humana e produtos químicos. | Este é um processo dispendioso porque leva tempo, poder de homem e mais produtos químicos. |
| Velocidade | |
| Isto é mais rápido, uma vez que tanto a detecção química como a detecção de sinais de muitas cadeias estão em paralelo. | Isso é demorado, uma vez que a detecção de detecção e detecção de sinais ocorrem como dois processos separados e somente na linha pode ler de cada vez. |
| Confiabilidade | |
| NGS é confiável. | O seqüenciamento de Sanger é menos confiável |
| Tamanho da amostra | |
| NGS requer menos quantidade de DNA. | Este método precisa de uma grande quantidade de DNA modelo. |
| Bases de DNA por fragmento sequenciado | |
| O número de bases de DNA por fragmento seqüenciado é menor que o método de Sanger | As seqüências geradoras são mais longas do que as sequências de NGS. |
Resumo - NGS vs Sanger Sequencing
NGS e Sanger Sequencing são técnicas de sequenciação de nucleotídeos amplamente utilizadas em Biologia Molecular. O seqüenciamento de Sanger é um método de seqüência inicial que foi substituído pela NGS. A principal diferença entre NGS e Sanger Sequencing é que a NGS é um processo de alta velocidade, mais preciso e econômico do que o seqüestro de Sanger. Ambas as técnicas criaram grandes surtos em Genética e Biotecnologia.
Referência:
1. Nowrousian, Minou. "Técnicas de sequenciação de próxima geração para microorganismos eucarióticos: Soluções baseadas em sequenciação para problemas biológicos. " Célula eucariótica. Sociedade Americana de Microbiologia, setembro de 2010. Web. 18 de fevereiro de 2017
2. Sanger, F., S. Nicklen e A. R. Coulson. "Seqüenciamento de DNA com inibidores de terminação de cadeia. "Procedimentos da Academia Nacional de Ciências 74. 12 (1977): 5463-467. Rede.
3. Liu, Lin, Yinhu Li, Siliang Li, Ni Hu, Yimin Ele, Ray Pong, Danni Lin, Lihua Lu e Maggie Law. "Comparação dos Sistemas de Seqüenciamento de Próxima Geração. "Journal of Biomedicine and Biotechnology 2012 (2012): 1-11. Rede.
Cortesia da imagem:
"Sanger-sequencing" Por Estevezj - Trabalho próprio (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia
"Desenvolvimentos na seqüência da próxima geração" Por Nederbragt, Lex (2012) - (CC BY 3. 0) via Commons Wikimedia
