Diferença entre RAPD e RFLP | RAPD vs RFLP

Diferença-chave - RAPD vs RFLP

Os marcadores genéticos são utilizados na Biologia Molecular para identificar variações genéticas entre indivíduos e espécies. DNA polimórfico amplificado aleatório (RAPD) e Polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP) são dois marcadores moleculares importantes rotineiramente utilizados em laboratórios. O RAPD é realizado com iniciadores de oligonucleótidos curtos e arbitrários, e é baseado na amplificação aleatória dos vários locais ao longo do modelo de DNA do organismo. O RFLP é realizado com uma endonuclease de restrição específica, e é baseado no polimorfismo dos fragmentos de restrição resultantes e na hibridação. A principal diferença entre RAPL e RFLP é que RAPD é um tipo de técnica de PCR realizada sem o conhecimento de seqüência anterior enquanto que RFLP não está envolvido na PCR e requer conhecimento de seqüência anterior para realizar a técnica.

ÍNDICE

1. Visão geral e diferença de chave

2. O que é RAPD

3. O que é RFLP

4. Comparação lado a lado - RAPD vs RFLP

5. Resumo

O que é RAPD?

RAPD é um marcador molecular útil em biologia molecular. É uma técnica rápida e fácil. RAPD pode ser definido como um método que resulta em sequências de DNA polimórficas como resultado da amplificação aleatória de múltiplos locais do modelo de DNA alvo. RAPD usa iniciadores oligonucleotídicos curtos com seqüências arbitrárias para a amplificação por PCR. Os primers são sintetizados artificialmente sem o conhecimento da seqüência anterior. Por isso, é considerado uma técnica fácil e útil.

As seguintes etapas principais estão envolvidas no RAPD.

Extração de ADN alvo
Amplificação das múltiplas localizações do DNA alvo usando primers escolhidos aleatoriamente
Eletroforese em gel dos produtos de PCR amplificados
Coloração com brometo de etidio e identificação do polimorfismo

Como um resultado da variação no recozimento de iniciadores, diferentes fragmentos com diferentes comprimentos são gerados durante a amplificação. Assim, os padrões de bandas nos géis são diferentes entre indivíduos e espécies. Assim, o RAPD permite a detecção de variação genética entre os organismos na identificação e diferenciação.

RAPD é aplicado em vários estudos de biologia molecular, como identificação da diferença genética entre espécies estreitamente relacionadas, mapeamento de genes, impressão digital de DNA, identificação de doenças hereditárias, etc.

Figura 01: RAPD

O que é RFLP?

Polimorfismos de comprimento de fragmento de restrição (RFLPs) é um marcador molecular usado na biologia molecular para a identificação da variação genética em seqüências de DNA homólogas. É o primeiro marcador genético desenvolvido para a impressão digital de DNA. Todos os organismos produzem perfis de DNA únicos quando restritos a enzimas de restrição específicas. RFLP serve como uma ferramenta importante na produção de perfis de DNA únicos de indivíduos e detecção de variação genética entre eles. Quando as amostras de DNA são digeridas com endonucleases de restrição específicas, produz diferentes perfis de DNA que são exclusivos de cada indivíduo. Portanto, o principal deste método é a detecção de variação genética entre os organismos, restringindo o DNA homólogo com enzimas de restrição específicas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento por meio de eletroforese em gel e mancha. Os padrões de borrão são únicos para cada organismo e caracterizam os genótipos específicos.

As seguintes etapas estão envolvidas com o RFLP.

Isolamento de quantidade suficiente de DNA de amostras
Fragmentação das amostras de DNA com endonucleases de restrição específicas em sequência curta
Separação dos fragmentos resultantes com diferentes comprimentos por eletroforese em gel de agarose.
Transferência do perfil de gel para uma membrana por transferência de Southern
A hibridação da membrana com sondas marcadas e a análise do polimorfismo do comprimento do fragmento em cada perfil

O RFLP possui várias aplicações, como diagnóstico de doenças hereditárias, mapeamento do genoma, identificação criminal em estudos forenses, testes de paternidade, etc.

Figura 02: genotipagem RFLP

Qual a diferença entre RAPD e RFLP?

- diff Artigo Médio antes da Tabela ->

RAPD vs RFLP
RAPD é um marcador molecular baseado em primers aleatórios e PCR.	RFLP é um marcador molecular baseado na produção de diferentes fragmentos de restrição de comprimento.
Amostra Requerida
Pequenas amostras de DNA são suficientes para a análise RAPD.	Uma grande quantidade de amostra de DNA extraída é necessária para análise RFLP.
Tempo
RAPD é um processo rápido.	RFLP é um processo demorado.
Primer Use
São usados primers aleatórios e os mesmos primers podem ser usados para diferentes espécies.	As sondas específicas de espécies são usadas na RFLP para hibridação.
Confiabilidade
A confiabilidade da técnica é menos comparada à RFLP.	RFLP é uma técnica confiável.
Blot
RAPD envolve a mancha do sul.	Southern blot é um passo de RFLP.
Detecção de variação alélica
As variações alélicas não podem ser detectadas pelo RAPD.	As variações alélicas podem ser detectadas pela RFLP.
Need for Sequence Knowledge
RAPD não requer conhecimento de seqüência anterior.	O conhecimento da seqüência prévia é necessário para o projeto da sonda.
PCR
A PCR está envolvida com RAPD	A PCR não está envolvida com RFLP.
Reprodutibilidade
RAPD tem uma baixa reprodutibilidade	RFLP tem uma alta reprodutibilidade em relação ao RAPD.

Resumo - RAPD vs RFLP

RAPD e RFLP são marcadores importantes utilizados na biologia molecular.Ambos os métodos são capazes de detectar a variação genética entre os organismos. O RAPD é realizado usando primers aleatórios. O RFLP é realizado utilizando enzimas de restrição específicas. Ambos os métodos produzem perfis de DNA únicos para organismos individuais. O RAPD está envolvido comparativamente poucos passos do que RFLP. Mas produz resultados menos confiáveis e reprodutíveis do que RFLP. Esta é a principal diferença entre RAPD e RFLP.

Referências:

1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang e M. K. Slocum. "Comparação dos marcadores genéticos RAPD e RFLP na determinação da similaridade genética entre genótipos Brassica oleracea L.. "TAG. Genética teórica e aplicada. Theoretische und angewandte Genetik. U. S. Biblioteca Nacional de Medicina, março de 1994. Web. 12 de abril de 2017

2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey e Antoni Rafalski. "A comparação de RFLP, RAPD, AFLP

Image Cortesia:

1. "Genotipagem RFLP" Por (desconhecido) - Institutos Nacionais de Saúde (Domínio Público) via Commons Wikimedia