Diferença entre RT PCR e QPCR | RT PCR vs QPCR

Diferença-chave - RT PCR vs QPCR

A reação em cadeia da polimerase é uma técnica usada para amplificar uma região específica de DNA in vitro. Devido à invenção desta técnica por Kary Mullis em 1983, os cientistas conseguem fazer mil milhões de cópias de fragmentos de DNA específicos para fins de pesquisa. Atualmente, tornou-se uma técnica comum e rotineiramente realizada em laboratórios clínicos e de pesquisa para uma ampla variedade de aplicações. Existem variações da técnica de PCR tradicional, como RT PCR, PCR aninhada, PCR multiplex, Q PCR, RT-QPCR, etc. RT PCR e Q PCR são duas variações importantes de PCR. A principal diferença entre RT PCR e Q PCR é que RT PCR é usado para detectar a expressão gênica através da criação de DNA complementar (cDNA) transcrições de RNA enquanto Q PCR é usado para medir quantitativamente os produtos de PCR em tempo real usando corantes fluorescentes.

ÍNDICE

1. Visão geral e diferença de chave

2. O que é RT PCR

3. O que é QPCR

4. Comparação lado a lado - RT PCR vs QPCR

5. Resumo

O que é RT PCR?

A reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (RT PCR) é uma variante da PCR que é usada para detectar a expressão de RNA. É um método muito importante para detectar a expressão de mRNA nos tecidos. RT PCR é utilizado quando o material de partida da amostra é ARN. Na RT PCR, o modelo mRNA é primeiro convertido em DNA complementar. Este passo é catalisado pela transcriptase reversa enzimática e o processo é conhecido como transcrição reversa. Em segundo lugar, a PCR tradicional é empregada para o cDNA recém-sintetizado para a amplificação.

RT PCR é uma técnica altamente sensível que requer uma quantidade relativamente pequena de amostra de ARN. RT PCR é comumente usado no diagnóstico e quantificação de espécies de ARN, especialmente vírus de RNA, como o vírus da imunodeficiência humana e o vírus da hepatite C.

Figura 01: Técnica RT PCR

O que é QPCR?

A PCR quantitativa (QPCR) é uma variante de PCR que é usada para medir quantitativamente os produtos de PCR. Também é referida como reação em cadeia de polimerase em tempo real, uma vez que mede a amplificação de tempo real usando máquina de PCR em tempo real. É um método adequado para determinar a quantidade de uma sequência alvo ou gene presente numa amostra. A característica interessante do QPCR é que ele combina amplificação e quantificação verdadeira em um único passo. Portanto, a necessidade de eletroforese em gel na detecção pode ser eliminada pela técnica QPCR. O QPCR usa corantes fluorescentes para rotular produtos de PCR durante as reações de PCR que eventualmente levam à quantificação direta.Quando os produtos de PCR se acumulam, os sinais fluorescentes também são acumulados e serão medidos pela máquina em tempo real. O QPCR pode ser combinado com RT PCR. É conhecido como RT - QPCR ou QRT - PCR e é considerado como um método mais poderoso, sensível e quantitativo para a detecção de níveis de ARN nas células ou nos tecidos.

SYBR Green e Taqman são dois métodos empregados para detectar ou assistir o processo de amplificação da PCR em tempo real. O método SYBR Green é realizado utilizando um corante fluorescente chamado SYBR verde e detecta a amplificação ligando o corante para produzir DNA de cadeia dupla. O Taqman é realizado utilizando sondas de marcação dupla e detecta a amplificação por degradação da sonda por Taq polimerase e libera o fluoróforo como mostrado na figura 02. Ambos os métodos monitoram o progresso do processo de amplificação e relatam a quantidade do produto em tempo real.

A PCR em tempo real possui uma grande variedade de aplicações, tais como a quantificação da expressão gênica, microARN e análise de ARN não codificada, genotipagem SNP, detecção de variantes de números de cópias, detecção de mutações raras, detecção de organismos geneticamente modificados, detecção de agentes infecciosos, etc..

Figura 02: técnica de PCR quantitativa

Qual a diferença entre RT PCR e QPCR?

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RT PCR vs QPCR
A RT PCR é uma técnica utilizada para detectar a expressão gênica por amplificação.	QPCR é uma técnica que amplifica o DNA e quantifica os produtos de PCR em tempo real.
Envolvimento da enzima transcriptase reversa
A transcriptase reversa enzimática é utilizada para PCR RT.	A transcriptase reversa enzimática não é usada para QPCR.
Uso de moléculas rotuladas com fluorescência
Os corantes ou sondas com marcação fluorescente não são utilizados para RT PCR.	Os corantes ou sondas marcados fluorescentemente são usados para QPCR.
Quantificação do produto de PCR
A menos que seja acoplado com QPCR, a RT PCR não quantifica o produto de PCR.	QPCR mede quantitativamente o produto de PCR.
Material de partida
O material de partida é mRNA.	O material inicial é DNA.
Síntese de cDNA
O DNA complementar é produzido durante a RT PCR.	O DNA complementar não é produzido durante QPCR.

Resumo - RT PCR vs QPCR

RT PCR e QPCR são duas versões da PCR tradicional. A técnica RT PCR é realizada para amostras de mRNA e é conduzida por transcrição reversa e produção de cDNA. QPCR é usado para quantificar produtos de PCR durante os ciclos térmicos de PCR em tempo real usando corantes fluorescentes ou sondas marcadas. Em QPCR, a quantidade de produto de PCR é representada pelos sinais fluorescentes emitidos pela amostra. RT PCR é popularmente usado como um processo de amplificação, enquanto o QPCR é comumente usado como um processo de quantificação. Esta é a diferença entre RT PCR e QPCR.

Referências:

1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo e GK Agrawal. "PCR em tempo real: revolucionando detecção e análise de expressão de genes. "Genómica atual".Bentham Science Publishers Ltd., junho de 2007. Web. 03 de abril de 2017

2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh e Jo Vandesompele. "Análise de expressão genética baseada em RT-qPCR simples e sensível de amostras FFPE. "Nature News. Nature Publishing Group, 22 de fevereiro de 2016. Web. 03 de abril de 2017

3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon e C. Mathieu. "O uso de PCR em transcriptase reversa em tempo real para a quantificação da expressão genética de citoquinas. "Journal of Biomolecular Techniques: JBT. A Associação de Recursos de Recursos Biomoleculares, março de 2003. Web. 03 de abril de 2017

Cortesia da imagem:

1. "Taqman" Por Usuário: Braindamaged - Trabalho próprio do carregador original (Public Domain) via Commons Wikimedia

2. "Reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa" Por Jpark623 - Trabalho próprio (CC BY-SA 3. 0) via Commons Wikimedia